#surgisphere

  • « Les failles multiples révélées par le #LancetGate mettent en lumière l’urgence d’une IA responsable »
    https://www.lemonde.fr/sciences/article/2020/06/23/les-failles-multiples-revelees-par-le-lancetgate-mettent-en-lumiere-l-urgenc

    Nozha Boujemaa, spécialiste de l’IA, revient dans sa chronique sur l’épisode de l’étude publiée dans la revue, où des données de santé d’origine incontrôlée ont conduit à la rétractation de plusieurs de ses auteurs.

    Carte blanche. La crise sanitaire du Covid-19 est un champ d’exploration et d’investigation pour les algorithmes d’intelligence artificielle (IA) dans différents secteurs comme l’épidémiologie, l’imagerie médicale, les essais cliniques. Les bénéfices sont nombreux. Grâce à l’analyse des images scanner pulmonaires et aux prédictions qui en résultent, on peut détecter les lésions, les quantifier et lever les ambiguïtés diagnostiques dues au manque de fiabilité du test RT-PCR. L’IA permet la prédiction de l’évolution de la gravité des lésions pour optimiser le parcours patient et la gestion des lits de réanimation en temps de crise. Les données – leur disponibilité, leur exploitabilité et leur interprétabilité – sont la clé de voûte de ces études. Certaines initiatives sont en cours pour une coordination sur un partage au niveau européen ou français, via le Health Data Hub, afin de faciliter l’interopérabilité des sources de données hétérogènes multisites et leurs alignements.

    Plusieurs études ont été lancées pour évaluer l’efficacité de l’hydroxychloroquine. En temps de crise, la compétition pour apporter des solutions est féroce, à en perdre la raison. Des revues de référence, comme The Lancet, se sont laissées piéger par #Surgisphere, une société américaine très controversée, qui a collecté des données et effectué des analyses prédictives. Les coauteurs se sont ensuite chargés de l’interprétation clinique des chiffres fournis par ces analyses. Il est vrai qu’identifier les patients susceptibles d’être infectés avec une sensibilité de 93,7 % et une spécificité de 99,9 % est une performance exceptionnelle. Proposer un score de gravité avec le risque de mortalité, un résultat très séduisant. De plus, cette étude a rapporté être effectuée sur 96 000 patients, à partir de 671 hôpitaux, ce qui est absolument colossal ! Surgisphere a refusé de donner accès à la cohorte utilisée, ce qui a renforcé la contestation, déjà très forte, de ses résultats. Depuis, c’est la débâcle : retrait de trois des quatre coauteurs, annulation des décisions politiques fondées sur ses résultats (dont celle de l’OMS).

    Le cycle de vie des données non maîtrisé
    Cette étude clinique utilisant l’IA est un exemple emblématique d’une chaîne de responsabilité non contrôlée – tout le contraire d’un système d’IA de confiance –, avec des défaillances multiples. On constate d’abord, concernant la gouvernance des données, que leur cycle de vie est non maîtrisé. Que sait-on de leur intégrité et de leurs sources, de la traçabilité de leur traitement, de leur transformation, de leur stockage et de leur usage (transmission à des tiers ou non) ? Ensuite, quelle a été la qualification des données par les spécialistes métiers – en l’occurrence, des cliniciens –, qui définissent les critères d’inclusion et d’exclusion en fonction des profils des patients et de leur parcours de traitement ? Cela a un impact sur l’interprétabilité des résultats. Autrement, on compare des pommes et des oranges et on est dans une situation garbage-in, garbage-out (« […]

    #paywall

    Quelques précisions sur le traitement des données par la société de Sapan Desai… et sur la maîtrise des données en amont des traitements.

  • Covid-19 : le « Lancetgate » révèle des failles de l’édition scientifique
    https://www.lemonde.fr/sciences/article/2020/06/15/covid-19-le-lancetgate-revele-des-failles-de-l-edition-scientifique_6042946_

    Comment une petite société américaine est parvenue à accéder à un des plus grands journaux médicaux, et à travers lui, à infléchir la politique sanitaire d’un pays comme la France.

    Quelle sera la place de Sapan Desai au panthéon de l’inconduite scientifique ? Devra-t-on le classer au rayon des fraudeurs patentés, ou plutôt à celui des arrivistes aux données frelatées ? Ce médecin et entrepreneur américain, fondateur d’une obscure société, Surgisphere, est en tout cas parvenu, en quelques semaines, à cosigner des études sur le Covid-19 dans deux des plus prestigieuses revues médicales – le New England Journal of Medecine (NEJM) puis The Lancet – fondées sur des données de santé qu’il dit avoir collectées auprès d’hôpitaux du monde entier. Et ainsi à infléchir la politique sanitaire d’un pays comme la France – qui a abrogé l’usage de l’hydroxychloroquine contre le nouveau coronavirus –, et à faire suspendre des essais cliniques internationaux sur cette molécule, au plus fort d’une pandémie mondiale. Avant de choir de ce piédestal, ses données mises en cause, sa réputation en pièces et ses articles rétractés.

    Cette ascension et cette chute-éclairs mettent à nu certains des ressorts intimes de la recherche et interrogent sur la faillibilité du contrôle qualité dans la diffusion de la production scientifique, à la fois bien public et secteur économique hyperconcurrentiel. D’autant que s’ajoute à cette fable du « Lancetgate » un ingrédient, l’hydroxychloroquine, qui hystérise tout ce qu’elle touche.

    Sapan Desai, l’insaisissable
    Qui donc est Sapan Desai ? Insaisissable, le personnage nettoie aujourd’hui sa légende sur les réseaux sociaux et les sites Internet – celui de sa société Surgisphere est désormais suspendu –, comme pour cacher ses frasques et brouiller les pistes. Il n’a pas répondu à nos sollicitations. Agé de 41 ans, il est diplômé de médecine de […]

    #paywall

    • [...] Agé de 41 ans, il est diplômé de médecine de l’université de l’Illinois en 2006. L’année suivante, alors qu’il se spécialise en chirurgie vasculaire à l’université Duke, il crée Surgisphere, une société destinée à diffuser des manuels médicaux. En 2010, il fonde le Journal of Surgical Radiology, dont la parution cesse en 2013, alors même qu’il revendique 50 000 abonnés et près d’un million de pages vues par mois – « ce qui l’aurait placé dans l’élite de l’édition universitaire », ironise la revue Science. Le médecin, qui a passé un MBA en gestion de la santé à Salt Lake City, se serait alors réorienté vers la gestion de données hospitalières.

      Voici comment il se présente à travers la plate-forme Crunchbase : « Il est le visionnaire derrière QuartzClinical, une plate-forme d’analyse des données de santé basée sur le cloud qui aide les hôpitaux à repenser leur mode de fonctionnement. (…) Le docteur Desai aime former d’autres professionnels par l’intermédiaire de ClinicalReview, la filiale d’enseignement médical de Surgisphere et l’un des plus grands portails d’enseignement médical en ligne du monde. »

      La réalité cernée par les limiers de la presse anglo-saxonne et des réseaux sociaux est moins reluisante. The Scientist a ainsi relevé que certaines des distinctions dont se prévaut le chirurgien sont moins prestigieuses qu’il n’y paraît, que des médecins cités comme ayant plébiscité en ligne ses revues ont demandé que ces recensions soient effacées, car ils ne les avaient jamais écrites. Desai fait l’objet dans l’Illinois de plusieurs plaintes concernant sa pratique médicale – poursuites qu’il juge « infondées », indique The Scientist . Il a tenté une levée de fonds qui a tourné court pour la mise au point d’un système de stimulation cérébrale. Remontant plus encore dans le temps, la biologiste Elisabeth Bik, qui s’est spécialisée dans la détection de la fraude scientifique, a relevé des duplications d’images suspectes dans sa thèse de médecine.

      Sa société Surgisphere suscite bien des questions. Basée au domicile de Desai, elle revendiquait il y a peu une dizaine de salariés – l’un décédé, certains au CV peu en rapport avec l’activité de la société. Des « détectives » en ligne se sont particulièrement intéressés à la directrice des ventes, s’interrogeant sur son éventuel passé de modèle à Las Vegas ou d’actrice de films X… La société d’édition scientifique Elsevier a décidé de réexaminer l’ensemble des articles impliquant Surgisphere.

      L’intermédiaire et la caution intellectuelle

      A ce stade, il convient de présenter un autre protagoniste, Amit Patel, coauteur des articles désormais rétractés du NEJM et du Lancet . « Par mariage », dit-il, il fait partie des relations familiales de Sapan Desai. Chirurgien cardiaque, il était jusqu’à il y a peu rattaché à l’université de l’Utah, liens aujourd’hui rompus, indique celle-ci. La revue Science a noté que sur les 100 publications scientifiques listées sous son profil dans cette université, les deux tiers renvoient à des travaux signés par des homonymes. Il a fondé et collabore avec des sociétés commercialisant des traitements à base de cellules souches présumés lutter contre des problèmes cardiaques, le vieillissement ou les défaillances sexuelles. Les études cliniques vantant ces traitements semblent s’être arrêtées à des stades très préliminaires, constate aussi Science.

      Avant d’adopter le mutisme face aux questions de la presse, Amit Patel a indiqué sur Twitter avoir servi d’intermédiaire entre Desai et le troisième personnage central du « Lancetgate », Mandeep Mehra. Médecin formé en Inde, ce spécialiste respecté des transplantations cardiaques s’est hissé jusqu’à un des sommets de la médecine américaine, la Harvard Medical School. Son CV sans tache a sans doute retenu l’attention des éditeurs du NEJM et du Lancet quand il leur a soumis, avec Patel, Desai, et d’autres coauteurs, des manuscrits où la puissance des données fournies par Surgisphere était mise au service d’une cause urgente, la lutte contre le Covid-19. Il est le seul du trio à avoir fait montre de contrition : « Dans mon espoir de contribuer à cette recherche à une époque où les besoins sont grands, je n’ai pas fait assez pour m’assurer que la source de données était appropriée pour cet usage, fait-il savoir dans un communiqué. Pour cela, et pour toutes les perturbations – directes et indirectes – je suis vraiment désolé. »

      L’échantillon de Surgisphere impressionne

      Reprenons la chronologie de ces publications. La collaboration du trio s’est d’abord manifestée à travers une étude publiée en preprint, c’est-à-dire pas encore endossée par une revue scientifique. Mise en ligne en avril (et aujourd’hui retirée du site qui l’hébergeait), elle suggérait qu’un antiparasitaire, l’ivermectine, pourrait être efficace contre le SARS-CoV-2, en se fondant sur les dossiers médicaux de 68 000 patients de 169 hôpitaux dans le monde – un registre fourni par Surgisphere. Cette étude observationnelle avait conduit plusieurs pays, notamment en Amérique du Sud, à adopter ce traitement. Certains s’étaient cependant interrogés sur la méthodologie – l’épidémiologiste Dominique Costagliola (Sorbonne Université, Inserm) a qualifié l’article de « nul ».

      Ce n’était qu’un début. Le 1er mai, le New England Journal of Medicine publie une nouvelle étude associant le trio à d’autres chercheurs, montrant que la prise d’antihypertenseurs ne modifiait pas la mortalité chez les patients atteints de Covid-19. Cet article était accompagné de deux études allant dans le même sens publiées simultanément dans le NEJM. Fondé là aussi sur un registre de données de Surgisphere puisées auprès de 169 hôpitaux dans 11 pays, ce travail passe alors peu ou prou sous les radars.

      Le 22 mai, en revanche, quand The Lancet publie une étude signée de ces trois coauteurs et d’un chercheur suisse, l’attention des médias et des réseaux sociaux est immédiate. Mandeep Mehra et ses collègues constatent en effet que parmi des patients hospitalisés pour Covid-19, la mortalité et les arythmies cardiaques sont sensiblement augmentées chez ceux prenant de la chloroquine ou l’hydroxychloroquine, associée ou non à des antibiotiques comme l’azithromycine. Publiée après plusieurs études relevant l’inefficacité de la molécule vantée aux Etats-Unis par le président Trump sur la foi d’observations mises en avant par l’infectiologue Didier Raoult, ce nouveau résultat est repris par de nombreux journaux. Même s’il ne s’agit pas d’un essai contrôlé randomisé, qui apporte de meilleures garanties que cette étude de registre rétrospective, la taille de l’échantillon impressionne : 96 000 patients, 671 hôpitaux, toujours tirés des bases de données de Surgisphere.

      Les incohérences rapidement pointées

      Mais dès le lendemain, des voix se font entendre pour pointer des incohérences méthodologiques. En France, l’ancien ministre de la santé Philippe Douste-Blazy, qui siège au conseil d’administration de l’IHU dirigé par Didier Raoult, met en doute le sérieux de l’étude. Une confusion de sa part fait penser qu’il l’a peut-être lue trop hâtivement. Didier Raoult ne tarde pas à qualifier l’étude de « foireuse ». Mais on s’interroge sur son parti pris : quelques jours plus tôt, n’a-t-il pas qualifié de « très bonne » une étude favorable à l’hydroxychloroquine conduite à l’hôpital de Garches, dont le preprint sera ensuite retiré à la demande de coauteurs ?

      Le cercle des critiques ne se réduit pas aux soutiens inconditionnels de l’hydroxychloroquine. Une lettre ouverte lancée par l’épidémiologiste James Watson, rattaché à Oxford, rassemble bientôt près de 200 signataires, qui soulèvent une dizaine de questions méthodologiques, mais aussi éthiques. Ils ne se contenteront pas d’un erratum du Lancet , qui admet une erreur de codage ayant fait passer des morts asiatiques pour australiens et publie un nouveau tableau de chiffres – rectification qui valide les interrogations de Philippe Douste-Blazy.

      Mais les critiques vont en fait bien au-delà, et l’impensable commence alors à être envisagé : se pourrait-il que le jeu de données fourni par Surgisphere ne soit qu’un mirage sorti du cloud ? Les experts mandatés par Mandeep Mehra pour auditer les données ne pourront jamais les voir. Surgisphere fait valoir la force des accords de confidentialité le liant aux hôpitaux qui interdiraient de donner accès à des tiers. Face à cette impossibilité matérielle de valider les données, Mehra, Patel et Frank Ruschitzka (hôpital universitaire de Zurich) demandent le retrait de l’article du Lancet – sans Sapan Desai. La revue britannique annonce la rétractation le 4 juin. Deux heures plus tard, le NEJM fait de même.

      Les turpitudes d’un modèle honni

      Que s’est-il passé ? Comment une petite société inconnue quelques semaines plus tôt a-t-elle pu publier des données invérifiables dans deux grandes revues médicales réputées impitoyables dans la sélection des manuscrits ?

      Le NEJM renvoie une part de la responsabilité aux reviewers, ces scientifiques, relecteurs bénévoles, qui épluchent les articles à la demande des revues et sont essentiels au contrôle qualité de l’édition scientifique. Mais aussi aux auteurs eux-mêmes : « Dans l’article, ils ont indiqué que tous se portaient garants de l’exactitude et de l’exhaustivité des données. » Le NEJM rappelle qu’il publie 200 articles de recherche par an, qu’il n’a rétracté que 18 articles au cours des vingt dernières années. Ce dernier cas est qualifié d’« aberrant ». « Cependant (…), nous sommes en train de revoir nos procédures, y compris la manière dont nous évaluons les recherches analysant de grands ensembles de données provenant de dossiers médicaux électroniques », nous a indiqué le journal médical.

      Richard Horton, rédacteur en chef du Lancet, expliquait dans un Tweet juste avant l’affaire que, même face à l’urgence du Covid, les procédures d’évaluation des manuscrits restaient aussi rigoureuses qu’auparavant. Au moment de boucler notre article, il ne souhaitait pas s’exprimer avant d’avoir démêlé comment avait pu se produire cette « fraude monumentale », comme il l’a qualifiée selon New York Times. Suprême ironie, Sapan Desai, qui avait écrit en 2013 un article dénonçant la fraude dans le secteur médical, avait volé au secours de l’intégrité des procédures du Lancet, le 20 mai, sur Twitter, deux jours avant la publication de son article…

      Dans le milieu de l’édition scientifique, ceux qui tentent de faire émerger ces dernières années des modèles ouverts prônant le libre accès aux publications scientifiques et un partage des données voient dans le « Lancetgate » un concentré des turpitudes d’un modèle commercial honni – Elsevier, propriétaire du Lancet et de 2 500 revues, dégageait en 2018 un bénéfice de 1 milliard d’euros, avec une marge de 35 %… Ces « machines à cash » sont accusées de faire passer le profit devant la qualité scientifique.

      « Le système ne fonctionne pas »

      Face à l’afflux d’études engendrées par la crise du Covid-19, certains grands acteurs, comme Nature, ont pris les devants en autorisant, voire encourageant, la prépublication des articles qui leur sont soumis : ce sont autant de relecteurs qui peuvent relever à l’avance les faiblesses d’un manuscrit et éviter des « sorties de route » dommageables.

      « Le système de prépublication a certes du bon, mais je suis terriblement gênée que ces résultats soient d’abord diffusés dans les médias, sur les réseaux sociaux, avant toute évaluation scientifique, commente la biologiste Françoise Barré-Sinoussi (Prix Nobel 1988), qui préside l’un des comités Covid mis en place par le gouvernement. Cela me préoccupe. » Pour elle, des accidents comme celui arrivé au Lancet, « ce n’est pas si étonnant que cela en période de crise, dans des situations d’urgence comme celle-ci ».

      Pour certains observateurs, le mal est bien plus profond. « Ce genre de choses arrive souvent et nous devons arrêter de traiter chacune de ces histoires comme surprenante, estime le médecin et journaliste Ivan Oransky, fondateur du site Retraction Watch, spécialisé dans l’étude des dysfontionnements de l’édition scientifique. Le système ne fonctionne pas. » Et d’énumérer l’absence de transparence sur les reviewers et leurs revues, sur les données, la faiblesse des contrôles statistiques… « Il est clair que sur les 1 500 articles rétractés chaque année – dont les deux tiers pour mauvaise conduite –, il y a de nombreux problèmes liés aux données. »

      Selon Ivan Oransky, la crise engendrée par le SARS-CoV-2 n’a été qu’un révélateur : « Il n’y a pas tant d’experts du Covid que ça dans le monde. Comment peut-on imaginer qu’ils aient pu relire les 47 000 articles déjà publiés sur le sujet ? On demande donc à des chercheurs qui ne sont pas spécialisés. Mais ça arrive aussi en temps normal. » Pour lui, le système marque aussi trop de révérence envers les mandarins de la science. « Nous croyons trop, nous ne vérifions pas assez, c’est ce que cet épisode doit nous enseigner. » Mahmoud Zureik, professeur d’épidémiologie à l’université Versailles-Saint-Quentin, confirme : « En ce moment, les éditeurs demandent d’évaluer des articles en quarante-huit heures et harcèlent les relecteurs avec plein de messages. Une fois notre avis rendu, on n’a aucune nouvelle, notamment des auteurs à qui l’on demande des précisions », regrette-t-il.

      Bernd Pulverer, éditeur en chef de The EMBO Journal , estime qu’un travail de vérification plus scrupuleux des reviewers du Lancet aurait pu leur mettre la puce à l’oreille, mais que les auteurs restent les premiers garants de la qualité de leurs données. « Pour les données cliniques, l’accès peut être compliqué pour des raisons de protection des patients. Elles ne sont souvent disponibles que sous une forme agrégée, anonymisée, rappelle-t-il. Cependant dans l’article du Lancet, il n’y a aucun accès aux données sources, seulement des tableaux avec des résumés. » Pour lui, la transparence « est au cœur de l’autorégulation scientifique ». Mais au-delà, « les journaux scientifiques doivent ouvrir la boîte noire du processus éditorial à l’examen du public ! »

      Les pouvoirs publics trop rapides ?

      Une dimension frappante du « Lancetgate », c’est aussi la rapidité avec laquelle les pouvoirs publics ont réagi à la publication du Lancet. Dès le lendemain, le ministère de la santé français saisissait le Haut Conseil de santé publique pour avis. Le HCSP a honoré la commande, rendant en un peu plus de vingt-quatre heures un rapport de 28 pages qui allait conduire à l’arrêt de l’utilisation de l’hydroxychloroquine contre le Covid-19, décrétée le 27 mai. « The Lancet est une revue avec une bonne image, les auteurs stipulaient que leurs données étaient vérifiées, le papier avait été validé par les relecteurs et ses résultats étaient plausibles », justifie le virologue Bruno Lina, membre du groupe de travail consulté. « L’avis du HCSP s’est fondé sur le principe primum non nocere, d’abord ne pas nuire, avec en en arrière-plan l’idée de ne pas reproduire l’affaire du Mediator », résume-t-il. Ce groupe de travail aurait-il discerné les faiblesses de l’étude s’il avait eu plus de temps ? Le président du HCSP, Franck Chauvin, ne souhaite pas commenter, rappelant que « la publication du Lancet n’était qu’une des études prises en compte ».

      Interrogé le 9 juin au Sénat sur la rétractation de l’étude, le ministre de la santé a qualifié l’épisode de « regrettable », et de « douteuse » la qualité méthodologique de l’article. « Cela ne veut pas dire que le traitement en question ait fait montre de son efficacité dans des essais cliniques », a rappelé Olivier Véran, constatant que « le temps scientifique n’est pas le temps politique ».

      Le contrôle a posteriori qui caractérise la démarche scientifique, par la reproduction (ou non) indépendante des résultats et l’accumulation des preuves, montre ici ses limites en temps de crise, quand des décisions doivent être prises dans l’urgence, sous la pression des circonstances et des médias…

      Grand flou autour des données

      Reste le cœur du mystère Surgisphere. Ses données existent-elles vraiment, ou ont-elles été inventées ? Lu Chen, bio-informaticien aux National Institutes of Health américains, a été un des premiers à tirer la sonnette d’alarme à propos de la qualité de l’étude du Lancet. « Mais je crois toujours que la base de données entière existe, dit-il. J’ai enquêté sur le code source de l’outil de notation de la gravité du Covid [proposé en ligne par Surgisphere]. (…) Je ne crois pas que quiconque soit prêt à “inventer” ce modèle à partir de zéro ou en utilisant des données synthétiques. Mais il existe une zone grise entre l’existence et la qualité. »

      D’où ces données proviendraient-elles ? Plusieurs hôpitaux cités comme partenaires par Surgisphere ont nié lui avoir confié les dossiers médicaux numériques de leurs patients. Pour Nozha Boujemaa, spécialiste de l’intelligence artificielle appliquée à la médecine (Median Technologies) et contributrice du cahier « Science & médecine », il est tout à fait possible que Surgisphere ne soit qu’un intermédiaire, « une vitrine marketing », traitant des données aspirées par d’autres « en contrebande » dans les registres électroniques des hôpitaux. « Ce type de société existe. Elles proposent des logiciels gratuits, parfois directement intégrés aux systèmes d’imagerie. » Une façon commode de s’affranchir du parcours d’obstacle réglementaire pour accéder à des données sensibles – « c’est le même principe qu’avec la gratuité des services proposés par les géants du numérique », rappelle-t-elle. Mais la qualité de l’analyse clinique s’en ressent, illustrant l’adage garbage in, garbage out (quand on entre des ordures dans le système, il en sort des ordures).

      Mahmoud Zureik partage le même soupçon : « Je ne pense pas que ces données aient été inventées. Un fraudeur aurait pu faire mieux que ce qui a été publié » estime le chercheur. Il dit avoir déjà décliné des propositions de sociétés de service « qui aspirent ainsi des données au profit des industries pharmaceutiques. La direction de l’hôpital peut très bien ignorer cette pratique. Cela expliquerait la qualité médiocre des données et leur absence de représentativité ».

      Pour Nozha Boujemaa, les recherches cliniques académiques vont devoir se soumettre aux mêmes exigences de traçabilité et d’intégrité des données que celles imposées aux entreprises pharmaceutiques par les « gendarmes du médicament » que sont la FDA américaine ou l’EMA européenne : « L’intérêt du “Lancetgate” est de révéler ces failles, il va falloir en tenir compte. »

      « Imaginer qu’on va pouvoir contrôler toutes les données sources est utopique », estime pour sa part le cardiologue et pharmacologue Christian Funck-Brentano (La Pitié-Salpêtrière), qui rappelle en outre pourquoi le système a pu se laisser abuser : « Le fondement de la pratique scientifique, c’est la confiance. » Dans un commentaire publié par The Lancet le même jour que l’article du trio, il avait pointé des observations « intrigantes », sans suspecter la qualité des données. Il est pour lui « très frustrant que ceux qui se sont posé des questions aient d’abord été les religieux de l’hydroxychloroquine » . Le blogueur allemand Leonid Schneider, décapant investigateur des turpitudes du monde de la recherche, s’interroge à ce propos : si Sapan Desai ne s’était pas mis sur le chemin de cette molécule au centre de toutes les polémiques, aurait-il été si vite rattrapé par la patrouille ? Bonne question.

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      « LancetGate » : chronologie d’un double accident éditorial

      Avril 2020 Une étude en preprint suggère que l’ivermectine, un médicament antiparasitaire, peut être utile dans la lutte contre le Covid-19. L’article est notamment cosigné par Amit Patel (Université de l’Utah), Mandeep Mehra (Harvard School of Medicine) et Sapan Desai, fondateur de la société Surgisphere, qui a fourni les données médicales.

      1er mai Le New England Journal of Medicine (NEJM) publie une étude cosignée par ces trois mêmes auteurs montrant que les personnes sous antihypertenseurs ne sont pas à risque accru de décéder du Covid-19.

      22 mai The Lancet publie une étude où l’on retrouve les trois mêmes coauteurs faisant état d’une mortalité et d’arythmies cardiaques accrues chez les patients hospitalisés pour Covid-19 et traités par chloroquine ou hydroxychloroquine, associées ou non à des antibiotiques comme l’azithromycine.

      23 mai 13h29 Le directeur général de la santé Jérôme Salomon saisit le Haut Conseil de santé publique (HCSP) pour avis sur l’usage de l’hydroxychloroquine dans le cadre du Covid-19. Sur BFM-TV, l’ancien ministre de la santé Philippe Douste-Blazy émet des doutes sur la qualité de l’étude du Lancet. Le lendemain, le HCSP rend un avis négatif.

      25 mai L’Organisation mondiale de la santé (OMS) annonce la suspension provisoire de l’inclusion de patients sous hydroxychloroquine dans son essai clinique Solidarity, destiné à tester plusieurs traitements contre le Covid-19. Dans une vidéo diffusée par son institut marseillais, Didier Raoult qualifie l’étude du Lancet de « foireuse ».

      26 mai Mise en circulation d’une lettre ouverte adressée au Lancet et aux coauteurs de l’étude recensant de nombreuses questions méthodologiques.

      27 mai Le décret qui permettait l’utilisation de l’hydroxychloroquine pour lutter contre le Covid-19 est abrogé par un nouveau décret. Les essais cliniques français impliquant l’hydroxychloroquine sont suspendus.

      28 mai The Lancet apporte un correctif à l’article de Mehra et al., mais indique que ses conclusions restent inchangées. Sapan Desai annonce un audit indépendant sur ses données.

      2 juin The Lancet met en garde ses lecteurs (« expression of concern ») sur le fait que « d’importantes questions scientifiques ont été soulevées concernant les données rapportées dans l’article de Mandeep Mehra et ses coauteurs ».

      4 juin The Lancet et le NEJM annoncent la rétractation des articles impliquant les données de Surgisphere. L’OMS indique reprendre l’inclusion de patients sous hydroxychloroquine dans son essai Solidarity : l’examen des données n’a pas mis en évidence sa toxicité.

      #Surgisphere #discordance_des_temps #recherche #édition_scientifique #données #santé_publique

    • Le blogueur allemand Leonid Schneider, décapant investigateur des turpitudes du monde de la recherche, s’interroge à ce propos : si Sapan Desai ne s’était pas mis sur le chemin de cette molécule au centre de toutes les polémiques, aurait-il été si vite rattrapé par la patrouille ? Bonne question.

      #CQ #HCQ

    • L’absence de toute liste des hôpitaux participant à l’alimentation de la base de données de Surgisphere tant dans les annexes de l’article que sur le site de la société mettait déjà une grosse puce à l’oreille.

      Ça montre aussi l’absence de curiosité des 3 co-auteurs sur l’origine des données. Sapai : j’apporte les données, vous faites le reste.

      Ça montre surtout le caractère stratégique d’un projet de mutualisation des compte-rendus hospitaliers qui pourrait fournir cette mythique base de données pour études rétrospectives. De façon moins branquignolesque que Surgisphere et avec un financement public. OMS ?

      Mais peut-être est-ce une utopie. Tant l’idée de tout déverser dans un même entrepôt peut être séduisante, tant la réalisation pratique doit nécessiter un investissement colossal pour rendre tout ça compatible et comparable.

      Pour terminer, notons que tous ces systèmes informatisés issus des DSI sont d’abord conçus comme des systèmes de gestion à finalité comptable : ils sont les supports de la tarification à l’acte. Il s’agit donc d’utiliser les données collectées pour des fins de recherche clinique complètement extérieures au système de gestion.

      Éternel problème de l’utilisation des #données_administratives

  • Chloroquine : #Surgisphere, cette entreprise fantôme au cœur du scandale du Lancet
    https://www.lefigaro.fr/sciences/chloroquine-surgisphere-cette-entreprise-fantome-au-coeur-du-scandale-du-la

    ... les trois études suspectes ont toutes trois auteurs en commun. Deux d’entre eux, le Pr Mandeep Mehra et le Dr Amit Patel, [...] ont demandé jeudi la rétractation de l’article publié dans le Lancet, mettant en cause le troisième auteur, le Dr Sapan Desai, fondateur et PDG de Surgisphere. C’est sur ce dernier, et sa mystérieuse petite entreprise, que se concentrent désormais tous les soupçons.

    [...] Il faut se rendre à l’évidence, Surgisphere est en fait une coquille vide. Les données sont incohérentes et matériellement impossibles à collecter dans autant d’établissements sans qu’aucun partenariat ne soit mentionné. La seule explication qui tienne, c’est que les données sont inventées de toutes pièces. Le Lancet n’a clairement pas fait le travail de vérification nécessaire avant publication, mais pour sa défense, cette #fraude est tellement énorme qu’elle était en fait #inimaginable.

  • ENQUETE FRANCEINFO. #Chloroquine : sur les traces de #Surgisphere, la société au cœur du scandale de l’étude du « Lancet »
    https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/enquete-franceinfo-chloroquine-sur-les-traces-de-surgisphere-la-societe

    Surgisphere. Cette entreprise américaine est celle par laquelle le scandale est arrivé, jetant le trouble sur le travail de la communauté scientifique en pleine pandémie de coronavirus. Surgisphere a, en effet, fourni et analysé les données sur lesquelles des chercheurs se sont appuyés pour évaluer l’efficacité des controversées chloroquine et hydroxychloroquine contre le Covid-19. Leurs travaux parus dans The Lancet ont eu un tel retentissement qu’ils ont eu des répercussions politiques, conduisant notamment l’Organisation mondiale de la santé à suspendre les essais sur ces médicaments.

    Mais, bien vite, des scientifiques ont décelé des incohérences dans les chiffres et les statistiques de l’étude. Le refus de Surgisphere de donner accès à ses données a empêché toute évaluation indépendante des travaux et semé un peu plus le doute sur la fiabilité, voire l’existence de la base de données. Trois des quatre auteurs de l’étude ont fini par se rétracter. Et le mystère entourant cette entreprise demeure.

  • PubPeer - Comparative Morphology of Rodent Vestibular Periphery. II. C...
    https://pubpeer.com/publications/4A0E7C755FBF30F082FB2121369C58#

    Les photos de cette publication seraient trafiquées; par qui ?

    Elisabeth #StayingAtHome #StayingAlive Bik sur Twitter : “Now why is this relevant? Hold on to your jaw. The first author of this paper also happens to be the #Surgisphere author who was an author on the two Lancet and NEJM papers that were retracted today.” / Twitter
    https://mobile.twitter.com/microbiomdigest/status/1269155114964545536

    #fraudes #science

  • Retraction: “Hydroxychloroquine or chloroquine with or without a macrolide for treatment of COVID-19: a multinational registry analysis”
    https://www.thelancet.com/lancet/article/s0140673620313246

    Today, three of the authors of the paper, “Hydroxychloroquine or chloroquine with or without a macrolide for treatment of COVID-19: a multinational registry analysis”, have retracted their study. They were unable to complete an independent audit of the data underpinning their analysis. As a result, they have concluded that they “can no longer vouch for the veracity of the primary data sources.”

    • Je note le fait que @simplicissimus avait mis le doigt il y a une semaine sur ce qui fait aujourd’hui tomber cette étude : le recours aux dossiers collectés et détenus par une boîte privée (qui refuse donc de donner accès à ses dossiers, raison pour laquelle les auteurs se rétractent, indiquant qu’ils ne sont pas en situation d’auditer plus avant la qualité de leurs sources) :
      https://seenthis.net/messages/856919#message856933

    • Covid-19 : deux études rétractées par deux grandes revues médicales
      https://www.lemonde.fr/sciences/article/2020/06/04/hydroxychloroquine-trois-auteurs-de-l-etude-du-lancet-se-retractent_6041803_

      N’ayant pu accéder aux données brutes de la société #Surgisphère qui avait fondé leur analyse, les coauteurs des deux articles ont demandé leur retrait. Celui publié dans « The Lancet » avait conduit à la suspension de l’usage de l’hydroxychloroquine en France.

      Coup sur coup, deux des plus grandes revues médicales mondiales ont procédé à la rétractation d’articles ayant trait au Covid-19, fondés sur des données fournies par une société américaine, Surgisphere et à l’origine, désormais, plus que douteuse. The Lancet a annoncé, jeudi 4 juin, le retrait de l’étude publiée le 22 mai dans ses colonnes, qui suggérait que l’hydroxychloroquine, associée ou non à un antibiotique comme l’azithromycine, augmentait la mortalité et les arythmies cardiaques chez les patients hospitalisés pour Covid-19. Cette étude avait été suivie en France d’une abrogation de la dérogation qui permettait l’utilisation de cette molécule contre le nouveau coronavirus SARS-CoV-2 et de la suspension d’essais cliniques destinés à tester son efficacité.
      Le New England Journal of Medicine (NEJM) a fait de même pour un article publié le 1er mai dans ses colonnes, qui déclarait que la prise de traitements antihypertenseurs n’avait pas d’influence sur la gravité du Covid-19. Dans les deux cas, l’auteur principal de l’étude était Mandeep Mehra (Harvard Medical School) et les données provenaient de Surgisphere.

      #données_de_santé #données_médicales #recherche

    • merci @arno, mon premier réflexe avait été de chercher la liste des hôpitaux. Contrairement à ce que laissait entendre la note, elle ne figurait pas en annexe où seul était produit la distribution par continent (avec le succès que l’on sait). Puis d’aller la chercher sur le site de Surgisphere où elle ne figure nulle part non plus.

      Je ne comprends pas comment Surgisphere n’a pas donné accès au groupe désigné par le Lancet chargé de vérifier les données. Ou plutôt, et c’est ce que se sont dit les 3 co-auteurs, s’ils refusent c’est que ça a été collecté n’importe comment.

      Apparemment, le projet initial, comme je l’indiquais dans ma remarque, était centré sur la chirurgie avec une équipe réduite. Le patron S. S. Desai y a vu l’occasion de promouvoir sa base de données, sauf que celle-ci n’a sans doute pas été conçue pour la médecine générale (ou les maladies infectieuses). Et lui fait dire ce pour quoi elle n’a pas été faite. Le coup de pub engendre un violent retour de bâton.

  • A mysterious company’s coronavirus papers in top medical journals may be unraveling | Science | AAAS
    https://www.sciencemag.org/news/2020/06/mysterious-company-s-coronavirus-papers-top-medical-journals-may-be-unra

    On its face, it was a major finding: Antimalarial drugs touted by the White House as possible COVID-19 treatments looked to be not just ineffective, but downright deadly. A study published on 22 May in The Lancet used hospital records procured by a little-known data analytics company called Surgisphere to conclude that coronavirus patients taking chloroquine or hydroxychloroquine were more likely to show an irregular heart rhythm—a known side effect thought to be rare—and were more likely to die in the hospital.

    Within days, some large randomized trials of the drugs—the type that might prove or disprove the retrospective study’s analysis—screeched to a halt. Solidarity, the World Health Organization’s (WHO’s) megatrial of potential COVID-19 treatments, paused recruitment into its hydroxychloroquine arm, for example.

    But just as quickly, the Lancet results have begun to unravel—and Surgisphere, which provided patient data for two other high-profile COVID-19 papers, has come under withering online scrutiny from researchers and amateur sleuths. They have pointed out many red flags in the Lancet paper, including the astonishing number of patients involved and details about their demographics and prescribed dosing that seem implausible. “It began to stretch and stretch and stretch credulity,” says Nicholas White, a malaria researcher at Mahidol University in Bangkok.

    Today, The Lancet issued an Expression of Concern (EOC) saying “important scientific questions have been raised about data” in the paper and noting that “an independent audit of the provenance and validity of the data has been commissioned by the authors not affiliated with Surgisphere and is ongoing, with results expected very shortly.”

    Hours earlier, The New England Journal of Medicine (NEJM) issued its own EOC about a second study using Surgisphere data, published on 1 May. The paper reported that taking certain blood pressure drugs including angiotensin-converting enzyme (ACE) inhibitors didn’t appear to increase the risk of death among COVID-19 patients, as some researchers had suggested. (Several studies analyzing other groups of COVID-19 patients support the NEJM results.) “Recently, substantive concerns have been raised about the quality of the information in that database,” an NEJM statement noted. “We have asked the authors to provide evidence that the data are reliable.”

    Surgisphere’s sparse online presence—the website doesn’t list any of its partner hospitals by name or identify its scientific advisory board, for example—have prompted intense skepticism. Physician and entrepreneur James Todaro of the investment fund Blocktown Capital wondered in a blog post why Surgisphere’s enormous database doesn’t appear to have been used in peer-reviewed research studies until May. Another post, from data scientist Peter Ellis of the management consulting firm Nous Group, questioned how LinkedIn could list only five Surgisphere employees—all but Desai apparently lacking a scientific or medical background—if the company really provides software to hundreds of hospitals to coordinate the collection of sensitive data from electronic health records. (This morning, the number of employees on LinkedIn had dropped to three.) And Chaccour wonders how such a tiny company was able to reach data-sharing agreements with hundreds of hospitals around the world that use many different languages and data recording systems, while adhering to the rules of 46 different countries on research ethics and data protection.

    The controversy has been an unfortunate distraction, Hernán adds. “If you do something as inflammatory as this without a solid foundation, you are going to make a lot of people waste time trying to understand what is going on.”

    Chaccour says both NEJM and The Lancet should have scrutinized the provenance of Surgisphere’s data more closely before publishing the studies. “Here we are in the middle of a pandemic with hundreds of thousands of deaths, and the two most prestigious medical journals have failed us,” he says.

    #Chloroquine #Revues_médicales #Surgisphere #Données_médicales #Fake_science

  • Hydroxychloroquine : « The Lancet » met en garde contre une étude publiée dans ses colonnes
    https://www.lemonde.fr/planete/article/2020/06/03/hydroxychloroquine-le-journal-the-lancet-met-en-garde-contre-une-etude-publi

    La revue médicale britannique a émis une « expression of concern » sur un article qui avait conduit l’OMS a suspendre provisoirement un essai clinique et la France à mettre fin à l’utilisation à l’hôpital de cette molécule contre le Covid-19.

    La revue médicale britannique The Lancet a émis, mardi 2 juin, une mise en garde (« expression of concern ») vis-à-vis d’une étude publiée dans ses colonnes le 22 mai. L’étude en question, s’appuyant sur 96 000 dossiers médicaux électroniques de patients hospitalisés pour Covid-19 suggérait que ceux traités avec de la chloroquine ou de l’hydroxychloroquine, combinées ou non à des antibiotiques comme l’azithromycine, présentaient un taux de mortalité supérieur et plus d’arythmies cardiaques.
    « D’importantes questions scientifiques ont été soulevées concernant les données rapportées dans l’article de Mandeep Mehra et al, annonce le Lancet dans un communiqué. Bien qu’un audit indépendant sur la provenance et la validité des données ait été commandé par les auteurs non affiliés à Surgisphere [la société américaine qui les avait collectées] et soit en cours, avec des résultats attendus très prochainement, nous publions une expression d’inquiétude pour alerter les lecteurs sur le fait que de sérieuses questions scientifiques ont été portées à notre attention. Nous mettrons cet avis à jour dès que nous aurons de plus amples informations. »

    • Expression of concern: Hydroxychloroquine or chloroquine with or without a macrolide for treatment of COVID-19:
      a multinational registry analysis
      https://marlin-prod.literatumonline.com/pb-assets/Lancet/pdfs/S0140673620312903.pdf

      Important scientific questions have been raised about data reported in the paper by Mandeep Mehra et al— Hydroxychloroquine or chloroquine with or without a macrolide for treatment of COVID-19: a multinational registry analysis1—published in The Lancet on May 22, 2020. Although an independent audit of the provenance and validity of the data has been commissioned by the authors not affiliated with Surgisphere and is ongoing, with results expected very shortly, we are issuing an
      Expression of Concern to alert readers to the fact that serious scientific questions have been brought to our attention. We will update this notice as soon as we have further information.
      The Lancet Editors

    • https://www.liberation.fr/debats/2020/05/31/hydroxychloroquine-le-christ-s-est-arrete-a-marseille_1789948

      Les auteurs ont pourtant souligné qu’il s’agissait d’une étude à bas niveau de preuve (absence de lien de causalité) et conclure que, seule, une étude randomisée prospective pourrait répondre au lien entre hydroxychloroquine et efficacité/dangerosité dans le traitement du Covid-19. Bref, l’article donnait certes une piste importante, mais ne permettait pas de trancher… Peu importe ! La réponse de nos tutelles OMS et ANSM, a été immédiate et radicale : interdiction des essais sur la chloroquine ! Une réponse couperet qui n’aura évidemment comme conséquence que d’éterniser le débat et d’enraciner des théories obscurantistes ou complotistes. Ainsi, on ne pourra plus démontrer que son protocole ne marche pas, voire qu’il peut être dangereux… Un beau cadeau à la médecine fondée sur la croyance. Quelle aberration ! C’est la victoire totale du Pr Didier Raoult.

      La grande victime de cette spectaculaire et brutale confrontation est donc bien au final la médecine. Pas celle de la croyance, grande gagnante de ce spectacle, mais bien l’autre médecine, la nôtre, celle fondée sur les preuves.

    • On tient le feuilleton de l’été.

      Coronavirus : l’OMS annonce la reprise des essais cliniques sur l’hydroxychloroquine
      https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/coronavirus-l-oms-annonce-la-reprise-des-essais-cliniques-sur-l-hydroxy

      Cette annonce intervient au lendemain de la mise en garde de la revue scientifique britannique « The Lancet » sur une étude publiée dans ses pages le 22 mai.

      L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a annoncé, mercredi 3 juin, la reprise des essais cliniques sur l’hydroxychloroquine, neuf jours après les avoir suspendus à la suite de la publication d’une étude dans la prestigieuse revue médicale The Lancet. La revue a publié lundi une mise en garde concernant cette étude, en pointant plusieurs failles méthodologiques.

      Après analyse des « données disponibles sur la mortalité », les membres du Comité de sécurité et de suivi ont estimé « qu’il n’y a aucune raison de modifier le protocole » des essais cliniques, a annoncé le directeur général de l’OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, au cours d’une conférence de presse virtuelle.

      Le groupe pharmaceutique français Sanofi, qui a annoncé vendredi suspendre le recrutement de nouveaux patients dans le cadre de ses deux essais cliniques sur l’hydroxychloroquine, a déclaré de son côté qu’il examinerait les informations disponibles et mènerait des consultations dans les prochains jours afin de décider s’il reprend ces essais.